Najstariji trag o karijeri Mušike Dujovića nalazimo u 2000. godini, kada ga mediji potpisuju kao istražnog sudiju Višeg suda u Podgorici. Tada je u fokusu javnosti bio zbog izviđaja ubistva Petka Pekušića u bašti Hotela Crna Gora i Radovana Kovačevića ispred Kliničkog centra Crne Gore (KCCG). Za Kovačevićevo ubistvo ispred (KCCG) teretio se pok. Branislav Mićunović. „Istražni sudija Višeg suda u Podgorici Mušika Dujović saopštio je juče novinarima da je donio rješenje o sprovođenju istrage protiv šest osoba, osumnjičenih da su akteri vatrenog obračuna 7. oktobra u kafeteriji kazina u hotelu "Podgorica" i ispred Urgentnog bloka Kliničkog centra u Podgorici. Za ubistvo i nedozvoljeno držanje oružja okrivljen je Branislav Mićunović iz Nikšića. Njegov sugrađanin Zdravko Lopušina, koji je takođe okrivljen za ubistvo, nalazi se u bjekstvu i protiv njega biće naređeno raspisivanje potjernice. Zbog krivičnog djela "izazivanje opšte opasnosti" istraga je pokrenuta protiv Cetinjanina Veselina Perovića. Protiv Nikšićana Sava Grbovića i Sava Vujovića istraga je pokrenuta za krivično djelo "pomoć učiniocu poslije izvršenog krivičnog djela", piše u tekstu Vijesti iz oktobra 2000. godine. Sudski postupci su trajali sve do početka 2008. a Mićunović je, uslijed nedostatka dokaza, pravosnažno oslobođen krivice.
2003. i 2004. godine dvaput nije dobio potrebnu podršku tada vladajućeg DPS-a da bude izabran za predsjednika Osnovnog suda u Podgorici, dok je sudije i dalje birala Skupština Crne Gore, odnosno poslanici, što je naišlo na kritike stručne javnosti.