Prema javno dostupnim podacima, Fatmir Đeka obavljao je funkciju u ulcinjskoj opštini od 2002. godine, kada ga mediji potpisuju kao sekretara za budžet i finansije. Nakon devet godina prelazi na čelo direktora Komunalnog preduzeća u Ulcinju, a krajem 2011. godine izabran je i za lidera tada osnovane Demokratske partije, nakon rascjepa u Demokratskoj uniji Albanaca (DUA) čiji je član bio.
Na parlementarnim izborima u oktobru 2012. godine izabran je za poslanika u crnogorskoj skupštini, a njegova partija bila je dio vladajuće koalicije koju je predvodila Demokratska partija socijalista (DPS). Ipak, na zimu 2014. godine biraju ga za predsjednika Opštine Ulcinj i to nakon što su Forca, koalicija „Zajedno za Ulcinj“ i Pozitivna Crna Gora zaključili sporazum o formiranju lokalne vlasti, čime je DPS završio u opoziciji.
Na čelu Ulcinja bio je do marta 2016. godine, kada je podnio ostavku nakon krize vlasti i dogovorene prekompozicije iste. Ostaje u političkom životu i sredinom 2018. godine preuzima funkciju direktora Turističke organizacije Opštine Ulcinj, i na toj poziciji biće sve do parlamentarnih izbora od 30. avgusta 2020. godina, kada osvaja još jedan poslanički mandat.
Obavljao je poslaničku funkciju sve do aprila 2022. godine, kada je izabran za ministra ljudskih i manjinskih prava u (manjinskoj) Vladi Dritana Abazovića. Istu funkciju zadržaće i po formiranju Vlade Milojka Spajića, u oktobru 2023. godine.