Suzana Mugoša započela je karijeru u tužilaštvu, imajući u vidu da je od 1995. do 1998. obavljala pripravnički staž kod Državnog tužioca Republike Crne Gore, a od 1999. godine do 2001. godine bila zaposlena kao stručni saradnik u istom organu. Potom je, 2001. godine, izabrana za zamjenicu osnovnog državnog tužioca u Podgorici, da bi onda 2005. bila imenovana za sudiju Osnovnog suda u Podgorici.
U februaru 2012. godine napredovala je u podgorički Viši sud, gdje je do 2014. postupala kao sudija prvostepenog krivičnog odjeljenja, a od januara 2014. godine postupala je kao sudija Specijalizovanog odjeljenja za suđenje za krivična djela organizovanog krimanala, korupcije, terorizma i ratnih zločina.
U ponovljenom suđenju za slučaj „Zavala“ osudila je nekadašnje rukovodioce Opštine Budva, Rajka Kuljaču i Dragana Marovića na pet, odnosno četiri godine zatvora, u junu 2015. godine, nakon što je Apelacioni sud dva puta ukidao osuđujuće presude vijeća sudije Valentine Pavličić. Početkom 2016. godine Apelacioni sud ukinuo je i ovu presudu, i naložio da se pred ovim sudom otvori pretres u ovom slučaju.
Ipak, 2017. godine preuzima predmet koji će obilježiti naredni period – „Državni udar“, za koji je suđenje počelo u septembru te godine. Optužnicom Specijalnog državnog tužilaštva tada su terećeni političari Andrija Mandić i Milan Knežević, Mandićev vozač Mihailo Čađenović, kao i dvojica ruskih i devet srpskih državljana, a sve zbog navodnog terorizma u pokušaju i planiranja nasilne promjene vlasti na dan kada su se održavali parlamentarni izbori u Crnoj Gori prethodne godine.
Kao predsjednica sudskog vijeća koje su još činile sutkinje Vesna Pean i Dragica Vuković, Mugoša je u maju 2019. godine osudila sve optužene na ukupno 70 godina zatvora. Ipak, Apelacioni sud Crne Gore ukinuo je ovu presudu dvije godine kasnije, i predmet vratio na ponovno odlučivanje.
Kasnije je sudija Mugoša za presudu Apelacionog suda javno tvrdila da je „kupljena“, zbog čega joj je izrečena disciplinska kazna u vidu umanjenja zarade od 30% u trajanju tri mjeseca i zabrane napredovanja u periodu od dvije godine.
Na kraju, Vijeće Višeg suda u Podgorici, sa sudijom Zoranom Radovićem na čelu, u julu 2024. godine donijelo je oslobađajuću presudu u ovom slučaju.