Najstariji trag u Arhivi medija o Milivoju Katniću datira iz 2000. godine, kada ga mediji navode kao sudiju majora u Vojnom sudu u Podgorici. U vojnom pravosuđu ostaje sve do njegovog ukidanja, 2004. godine, a potom prelazi u Apelacioni sud Crne Gore.
Predsjedavao je vijećem Apelacionog suda Crne Gore koje je, u decembru 2009. godine, preinačilo osuđujuću presudu za saizvršilaštvo u ubistvu Duška Jovanovića, i smanjilo kaznu Damiru Mandiću sa 30 na 19 godina zatvora.
Takođe, bio je predsjednik vijeća koje je u januaru 2012. godine ukinulo osuđujuću presudu optuženima za ubistvo policijskog funkcionera Slavoljuba Šćekića, i predmet vratilo na ponovno suđenje. Prethodno su se na presudu kojom su okrivljeni za ubistvo Slavoljuba Šćekića,, podmetanje eksplozija na hotel "Splendid" u junu i julu 2005. godine, te pokušaj reketiranja Žarka Radulovića, suvlasnika ovog hotela, osuđeni na 120 rodina zatvora, Apelacionom sudu žalili i vrhovni državni tužilac i advokati odbrane. Sa druge strane, Katnić je sljedeće godine bio na čelu vijeća koje je potvrdilo osuđujuću treću prvostepenu presudu Višeg suda u ovom slučaju.
U maju 2015. godine mediji objavljuju da je Katnić jedan od kandidata za poziciju glavnog specijalnog tužioca (GST), u tada uspostavljenom Specijalnom državnom tužilaštvu Crne Gore. U tom periodu u javnost opet isplivavaju detalji o učešću Katnića na dubrovačkom ratištu, u svojstvu oficira KOS-a, koga je jedan od svjedoka optužio za „pljačke i paljevine u Cavtatu“, što je Katnić i ranije demantovao.
Ipak, Tužilački savjet Crne Gore ga bira za GST-a u junu 2015. godine, i do kraja tog ljeta Crnu Goru potresa hapšenje više bivših i tadašnjih čelnika Opštine Budva, po nalogu Specijalnog državnog tužilaštva, i to Lazara Rađenovića, Dragana Marovića, Milene Marović Bogdanović, Rajka Kuljače, Aleksandra Tičića... Istovremeno, javnost polemiše o mogućem epilogu u slučajevima „Telekom“ i oko tajnog računa Đorđine Marović u švajcarskoj banci.
Potom u javnost izlazi informacija da su čelnici budvanske opštine uhapšeni pod sumnjom da su oštetili budžet u iznosu od ukupno 10 miliona eura, i to malverzacijama pri izgradnji platoa na Jazu i stambeno-poslovnog centra TQ Plaza, ali Katnić tada odbija da odgovori da li je istragom obuhvaćen i Svetozar Marović, tada još uvijek visoki funkcioner Demokratske partije socijalista (DPS), imajući u vidu da su prethodno uhapšeni članovi njegove uže porodice.
Nakon što je raspisao i nalog za hapšenje Miloša Marovića, sina Svetozara Marovića, Katnić javno iznosi i da zna ko je šef budvanske kriminalne grupe, odbivši da ga imenuje. Nedugo potom ispostaviće se da je to upravo Svetozar Marović, koga vlasti hapse u decembru 2015. godine pod sumnjom da je bio organizator kriminalne grupe koja je zloupotrebom službenog položaja u više predmeta oštetila budvansku opštinu za više desetina miliona eura, i on u pritvoru provodi narednih pola godine.
Epilog ovih slučajeva pokvariće činjenica da su sa većinom okrivljenih, uključujući i Maroviće i tadašnjeg predsjednika opštine Rađenovića, potpisani sporazumi o priznanju krivice, što će Svetozar i Miloš Marović, koji će u međuvremenu prebjeći u Srbiju, iskoristiti da izbjegnu izdržavanje zatvorske kazne.
U martu 2016. godine objavljeno je da je Katnić saslušao Veselina Veljovića, bivšeg direktora Uprave policije i Ivana Brajovića, bivšeg ministra unutrašnjih poslova, a u okviru istrage afere „Limenka“ u kojoj je državni budžet oštećen za 10,5 miliona eura time što se Uprava policije nije u roku iselila iz zgrade poznate pod tim nazivom, pa je Prva banka – u većinskom vlasništvu Aca Đukanovića, brata Mila Đukanovića, predsjednika Vlade Crne Gore u više mandata, tužbom nadoknadila štetu imajući u vidu da je bila kupac zemljišta na kom se nalazio objekat. Nekoliko mjeseci kasnije Katnić je saopštio da u izviđaju SDT-a nije utvrđeno da je u ovom slučaju došlo do zloupotrebe službenog položaja, već da ima elemenata krivičnog djela Nesavjesan rad u službi, zbog čega je predmet proslijeđen Osnovnom državnom tužilaštvu u Podgorici – koje ga je potom zatvorilo zbog zastare.
Ipak, za vrijeme održavanja Parlamentarnih izbora 16. oktobra 2016. godine državu potresa slučaj koji će kasnije postati poznat kao „Državni udar“, i Katnić objavljuje da su tada uhapšeni htjeli da „simuliraju napad policije na narod“, ali i da je prve informacije o stvaranju kriminalne grupe dobio od „Boga i talika junačkoga“.
U narednim mjesecima u javnosti će biti razmjenjivane međusobne optužbe između Katnića i nekadašnjeg opozicionog bloka – Demokratskog fronta, čiji lideri Andrija Mandić i Milan Knežević će na kraju završiti na optužnici za ovaj slučaj, zajedno sa Mandićevim vozačem Mihailom Čađenovićem, ali i dvojicom ruskih i devet srpskih državljana, a sve zbog navodnog terorizma u pokušaju i planiranja nasilne promjene vlasti na dan kada su se održavali parlamentarni izbori u Crnoj Gori 2016. Nakon suđenja koje će obilježiti crnogorsko pravosuđe narednih godina svi optuženi će u maju 2019. godine biti osuđeni na ukupno 70 godina zatvora, ali će Apelacioni sud Crne Gore poništiti tu presudu 2021. i predmet vratiti na ponovno odlučivanje. U ponovljenom postupku optuženi su oslobođeni u julu 2024. godine, ali je Specijalno državno tužilaštvo uložilo žalbu na ovu presudu u junu 2025. godine.
Početkom 2019. godine odjeknula je afera „Koverta“, kada je Duško Knežević, biznismen prethodno blizak Milu Đukanoviću, tada već predsjedniku Crne Gore, objavio snimak na kom se vidi kako Slavoljub Migo Stijepović, Đukanovićev partijski kolega i bivši gradonačelnik Podgorice, preuzima kovertu sa novcem, navodno za potrebe izborne kampanje uoči izbora 2016. godine. Knežević će u narednim mjesecima objaviti više informacija u vezi sa imovinom i poslovima Đukanovića, a Katnić će, uprkos velikom pritisku javnosti, ostati potpuno inertan u vezi sa ovim i čak će javno saopštavati kako nema sumnje da je Đukanović u bilo čemu učestvovao. Štaviše, SDT je krajem 2019. godine na osnovu pomenutog snimka podiglo optužnicu zbog sumnje u pranje novca protiv Stijepovića i Kneževića (Kneževića će teretiti za više djela u više afera u vezi sa poslovanje Atlas grupe), ali ne i Đukanovića. Sud će u ovom slučaju prvostepeno presuditi tek u aprilu 2025, oslobodivši sve okrivljene.
SDT će, sa Katnićem na čelu, podići i optužnicu za aferu „Telekom“, ali i u tom slučaju će optužbe zaobići porodicu Đukanović – terećeni su samo Oleg Obradović i Miodrag Ivanović, nekadašnji rukovodioci državne telekomunikacione kompanije, zbog zloupotrebe službenog položaja kojom su pribavili koristi od 2,3 miliona eura kompaniji „Rawleigh Trading“ iz Londona, a na ime fiktivnog konsultantskog ugovora. Nakon prvostepene oslobađajuće presude iz juna 2022. godine, oni su i ponovljenom postupku oslobođeni u februaru 2025. godine.
2019. godinu obilježiće i slučajevi „Klap“ i „Vardar“ u okviru kojih će SDT podići optužnice protiv više desetina fizičkih i pravnih lica zbog sumnje da su prali novac, tajili porez i organizovali i bili članovi kriminalnih organizacija. Katnić će se kasnije često hvaliti rezultatima tužilaštva u ovim slučajevima, međutim, javnost će sa druge strane kritikovati činjenicu da su sa većinom okrivljenih (opet) zaključeni sporazumi o priznanju krivice na osnovu kojih su osuđeni na minimalne i/ili uslovne zatvorske kazne, kao i da je izostala sistematična istraga stvarnih vlasnika osuđenih kompanija.
U junu 2020. godine opet je konkurisao za poziciju GST-a, na koju ga je Tužilački savjet izabrao krajem tog mjeseca. Početkom 2021. godine Katnića je optužio kolega i specijalni tužilac Živko Savović, i to da opstruira istrage u predmetima „Bazar“ i „Autoput“, ali i da je zloupotrijebio položaj u predmetu „Državni udar“, zajedno sa drugim tužiocem na tom slučaju, Sašom Ćađenovićem, i sudijom Višeg suda u Podgorici, Suzanom Mugošom. Savovićeva prijava tada je ekspresno odbačena.
Nakon usvajanja izmjena Zakona o državnom tužilaštvu u junu 2021. godine, Milivoje Katnić je tvrdio da vlast mijenja zakone isključivo sa ciljem njegove smjene. Krajem te godine putovao je u Beograd, da zajedno sa kolegom Sašom Čađenovićem sasluša Veljka Belivuka i Marka Miljkovića, osumnjičene za dvostruko ubistvo u Spužu iz oktobra 2020. godine. Ulazak te dvojice kriminalaca u Crnu Goru u januaru 2021, koji se i u Srbiji terete za najmonstruoznija ubistva i druge zločine, biće predmet čuvene konferencije za medije SDT-a i Uprave policije, kada su Milivoje Katnić i Zoran Lazović javnost uvjeravali da nema potrebe da se strahuje od njihovog prisustva, imajući u vidu da ih inspektori sektora kojim je Lazović rukovodio danonoćno nadziru.
Sredinom februara 2022. godine Tužilački savjet Crne Gore ga je, zbog sticanja prava na starosnu penziju, razriješio sa funkcije glavnog specijalnog tužioca, na šta se Katnić neuspješno žalio. Na toj poziciji naslijedio ga je Vladimir Novović, dotadašnji sudija Višeg suda u Podgorici, koji ubrzo otvara više istraga protiv bivših javnih funkcionera.
Nakon što su u medijima objavljene prepiske sa SKY aplikacije koje su pokazale da je Petar Lazović, službenik Agencije za nacionalnu bezbjednost (ANB) na radu u Upravi policije, komunicirao i navodno sarađivao sa pripadnicima kriminalnih klanova, Katnić saopštava da je, dok je bio na funkciji, kontrolisao materijal dobijen od EUROPOL-a, i da nije bilo razloga za pokretanje postupka protiv Lazovića, sina njegovog pobratima Zorana Lazovića, jer je postupao u skladu sa ovlašćenjima i o tome obavještavao pretpostavljene. Mlađi Lazović uhapšen je u julu 2022. godine i sudi mu se u više postupaka zbog sumnje da je, između ostalog, službu podredio kriminalnoj organizaciji kotoranina Radoja Zvicera, ali i švercovao drogu i oružje.
Krajem te godine uhapšen je i specijalni tužilac Saša Čađenović, Katnićev prvi saradnik za vrijeme njegovog mandata na čelu SDT-a, zbog sumnje da je postao član kriminalne organizacije Kavački klan, a Katnić je potom i njega javno branio: "Specijalizovan je za borbu protiv organizovanog kriminala i bezrezervno vjerujem u njegovu čast i poštenje. Vjerujem da nije postao član nikakve kriminalne grupe, niti je svjesno zloupotrebljavao službeni položaj. Kao i kod svakog smrtnika, postoji mogućnost da je napravio neki propust u radu, prije svega jer je preopterećen, i ako to bude slučaj, on će to i dokazati''.
Sredinom 2023. godine Katnić i Lazovići svjedočili su na suđenju navodnim pripadnicima Škaljarskog klana, koji su optuženi za planiranje likvidacija predstavnika pravosuđa i policije, uključujući i njih same. „Oni su bili riješeni da me nekoliko puta likvidiraju. Ne pridružujem se krivičnom gonjenju i nemam ništa protiv ljudi koji se nalaze na optuženičkoj klupi. Oni su u sve ovo upeletni i vjerovatno su im ponuđeni neki benefiti u vezi sa izdržavanjem zatvorske kazne i tako dalje - kazao je Katnić pred sudom u junu 2023.
Milivoje Katnić i Zoran Lazović uhapšeni su 14. aprila 2024. godine, pod sumnjom da su počinili krivična djela Stvaranje kriminalne organizacije i Zloupotreba službenog položaja, dok se Lazović tereti i za Pranje novca. Optužnica u ovom predmetu podignuta je u oktobru 2024, a nakon ispravke i potvrđena u martu 2025.
Između ostalog, Katnić se tereti da je dao saglasnost na odluku tužioca Saše Čađenovića da se krivično ne gone policijski službenici Petar Lazović i Ljubo Milović, iako je raspolagao dokazima da su počinili više krivičnih djela, kao i da je sačuvao od krivičnog gonjenja Duška Roganovića, pripadnika Kavačkog klana.
Suđenje u ovom slučaju počelo je u maju 2025. godine, a Katnić od početka procesa tvrdi da je politički motivisan, i negira sve optužbe, ali i optužuje specijalnog tužioca Miloša Šoškića, zastupnika optužnice, da je sakrio i falsifikovao poruke sa SKY aplikacije koje se koriste u postupku.